De acordo com o definido no Decreto-Lei nº 49/93, de 26 de Fevereiro:
- A Marinha tem por missão cooperar, de forma integrada, na defesa militar da República, através da realização de operações navais.
- Sem prejuízo da missão referida no número anterior, a Marinha desempenha, também, missões no âmbito dos compromissos internacionais assumidos e missões de interesse público.
- As missões específicas da Marinha são as definidas nos termos da lei.
Em termos gerais, pode dizer-se que a "Marinha é a garantia da soberania e protecção dos interesses dos portugueses e do Estado, no e pelo Mar".
A dimensão e importância da Marinha revela-se nas actividades que desenvolve nestas duas áreas distintas.
As actividades de carácter militar e diplomático compreendem:
- A defesa do território nacional;
- A protecção da diáspora portuguesa no mundo;
- A protecção das linhas de comunicação;
- O combate às redes transnacionais de terrorismo, tráfico de armas, de droga e escravatura;
- A participação nas alianças;
- A projecção de força;
- O apoio à política externa do Estado;
- E a aproximação à diáspora portuguesa.
A Marinha desenvolve, igualmente, missões de interesse público, cuja actividade assenta essencialmente nas seguintes áreas:
- Busca e salvamento marítimo;
- Segurança marítima;
- Fiscalização da pesca e combate aos ilícitos marítimos;
- Preservação dos recursos marinhos e combate à poluição;
- Investigação científica;
- Actividade cultural.