O Comando Naval é o Comando Operacional da Marinha e, de acordo com a lei orgânica da Marinha (LOMAR), aprovada em 26 FEV 93 (Dec. Lei 49/93), o Comandante Naval está diretamente subordinado ao Almirante Chefe do Estado-maior da Armada e detém a responsabilidade pelo planeamento, coordenação, condução e controlo da atividade operacional da Marinha.