Ao Comando Naval (CN) compete: conduzir as operações navais de acordo com as necessidades de protecção dos interesses nacionais; exercer o controlo da navegação, assegurar as comunicações marítimas, a segurança dos espaços marítimos de jurisdição nacional, a defesa marítima dos portos e a salvaguarda dos interesses nacionais ligados ao mar, nomeadamente a fiscalização da pesca, a colaboração na repressão do contrabando e a execução de acções de busca e salvamento.
 A estas funções acresce ainda o treino avançado de todas as unidades navais, de fuzileiros e de mergulhadores, incluindo aquelas que serão, posteriormente, atribuídas a outros comandos operacionais.

O COMANDO NAVAL exerce as suas atribuições e competências numa área de cerca de 1500 mil milhas quadradas, compreendida, grosso modo, entre os meridianos 9º e 40º Oeste e os paralelos 30º e 43º Norte. Esta área é atravessada por numerosas linhas de comunicações marítimas, nomeadamente as que ligam o Continente Americano ao Mediterrâneo, o Norte da Europa ao Mediterrâneo e à África Ocidental e ainda as que servem os portos de Lisboa e Leixões e as que ligam o Continente às Ilhas Adjacentes. As comunicações marítimas, aliás, têm uma importância primordial para o nosso país, sendo por mar que são movimentados cerca de 90% das mercadorias do nosso comércio externo.

O cargo de Comandante Naval é desempenhado por um Vice-Almirante, directamente subordinado ao Chefe do Estado-Maior da Armada. Na sua dependência encontram-se os cinco Comandos de Zonas Marítimas - 3 do Continente (Norte, Centro e Sul) e os dos Açores e Madeira, o Comando do Corpo de Fuzileiros, a Flotilha, a Base Naval de Lisboa, e as unidades navais, de fuzileiros e de mergulhadores. Da Flotilha, dependem por sua vez, as Esquadrilhas de Escolta Oceânicos, de Submarinos, de Patruhas, de Helicópteros e a de Draga-Minas (não activada).

O Vice-Almirante Comandante Naval exerce o seu comando apoiado num Estado-Maior e num centro de operações, tendo na sua dependência directa o Centro de Instrução de Táctica Naval (CITAN), o Centro de Guerra Electrónica (CENGE) e a Estação Radionaval Comandante Nunes Ribeiro.

Além das acções de patrulha relacionadas com a fiscalização da costa e da ZEE, as unidades navais do CN executam regularmente os exercícios da série SWORDFISH, CONTEX, INSTREX e PHIBEX, no âmbito do próprio CN e ainda exercícios nacionais conjuntos das séries Lusíada, Açor, Zarco, Júpiter e Marte.

Unidades Navais normalmente atribuídas ao CN têm incorporado regularmente a "STANAVFORLANT" e a "EUROMARFOR", participado em exercícios e operações, quer no âmbito NATO (LINKED SEAS, RESOLUTE RESPONSE, missões "PfP", etc.), quer em colaboração com Marinhas aliadas (JMC, SPONTEX, TAPON, etc.); executam ainda frequentes missões de presença naval, no território e no estrangeiro, e de serviço público (rastreio, controlo e combate à poluição, preservação e protecção dos recursos marinhos, transporte de pessoal e de material, pesquisa oceanográfica e hidrográfica, colaboração com o serviço nacional de protecção civil na eventualidade de sinistros graves, e acções disciplinadora nos esquemas de separação de tráfego).