Criada com a nacionalidade, a Marinha Portuguesa tem uma história que se confunde com a história da Nação, podendo dizer-se que é uma História de Portugal vista do mar.
São do século XII os primeiros documentos relativos às atividades marítimas nacionais e que mostram serem a pesca e o comércio marítimo fatores importantes da economia medieval portuguesa.
A criação de uma feitoria na Flandres no último quartel do século XII e as negociações com a Inglaterra nos primeiros anos do século XIII foram também um fator de desenvolvimento.
No campo militar verifica-se que logo na conquista de Lisboa, em 1147, se fazem referências ao comandante das galés portuguesas; e também em 1180 o lendário D. Fuas Roupinho terá derrotado os muçulmanos na Batalha Naval do Cabo Espichel, a primeira de que há registo, e efetuado duas incursões a Ceuta em 1181 e 1182, na segunda das quais veio a falecer.
No século XIII a Marinha Militar colaborou ainda nas tomadas das povoações do litoral, como Alcácer do Sal, Silves e Faro, nas lutas com Castela através de incursões à Galiza e à Andaluzia, e em ações conjuntas das frotas cristãs contra os muçulmanos. Terminada a conquista do território, tarefa gigantesca que ocupou cinco reinados, Portugal dedicou-se quase inteiramente ao desenvolvimento dos seus recursos, orientando-se especificamente para o setor marítimo.
Criação de uma Força Naval
Para repelir quaisquer tentativas dos piratas mouros passou a existir, em 1312, uma força naval permanente capaz de defender o território e a navegação nacionais.
D. Dinis contrata um dirigente para a Marinha
O rei D. Dinis estabelece as bases orgânicas do país através do desenvolvimento marítimo e em 1317 contrata o genovês Manuel Pessanha para dirigir a Marinha Portuguesa, que cerca de 1321 lança com êxito alguns ataques aos portos muçulmanos do Norte de África; Salé foi saqueada em 1321.
Em 1323 é instituído em Portugal o seguro marítimo e em 1336 e 1341 efetuam-se as primeiras tentativas de expansão atlântica com a expedição luso-genovesa às Ilhas Canárias patrocinada por D. Afonso IV.
Acordo sobre comércio marítimo com Inglaterra
Em 1352 é assinado com Eduardo III de Inglaterra um acordo sobre comércio marítimo.
Em meados do século XIV o rei D. Fernando preocupou-se com a criação de uma Marinha forte que lhe servisse as suas aspirações militares e lhe enriquecesse o Reino, monopolizando o comércio marítimo, para o que instituiu, em 1377, privilégios aos proprietários de navios com mais de 100 toneladas.
A pesca atinge também grande desenvolvimento neste período, fazendo-se já no alto mar e em águas distantes.
Com a morte do monarca em 1383, há uma crise de sucessão que leva o país para quase trinta anos de guerra. Durante esta crise, foi a esquadra portuguesa que vinda do Norte, forçou a entrada em Lisboa - cercada por terra e mar pelo rei de Castela - reabasteceu os sitiados, comandados pelo Mestre de Avis, permitindo-lhe resistir até que uma epidemia no acampamento inimigo obrigou os castelhanos a retirar. Foi a ação desta pequena esquadra que permitiu ao mestre de Avis estar em Aljubarrota dois anos mais tarde.