Em termos militares, o século XIX começa mal para Portugal. Durante a chamada Guerra das Laranjas a Inglaterra ocupa os territórios da Madeira, do Estado da Índia e de Macau onde o Poder Naval português era quase nulo. Apesar disto, a fragata Princesa Carlota colabora com a esquadra inglesa de Saumarez num combate contra uma frota franco-espanhola, ao largo de Cádis em 13 de julho de 1801.
A fragata Nossa Senhora do Bom Despacho, mais conhecida por Cisne, navio de 44 peças pertencente a Esquadra do Estreito, é apresada por um corsário argelino em 1802. A fragata andava em patrulha no Mediterrâneo quando surgiu um navio arvorando pavilhão inglês e mostrando intenção de chegar à fala; aproximou-se do navio português que de nada desconfiou e abordou-o de surpresa. Após uma violenta luta o navio foi apresado e os sobreviventes conduzidos para Argel onde foram reduzidos à escravatura. Só em 1812, e após o pagamento de pesados resgates se conseguiu a libertação dos sobreviventes deste incidente.
Estes episódios são dois exemplos retirados um pouco ao acaso das descrições dos inúmeros combates de navios soltos travados pela Marinha Portuguesa ao longo dos séculos XVIII e XIX.
As Invasões Francesas levam a Família Real a partir para o Brasil em 1807, numa esquadra de 21 navios que a seguir intervêm na ocupação da Guiana francesa, na Guerra de Montevideu e na Revolta de Pernambuco. Apenas uma nau regressou a Portugal, formando os restantes o núcleo da nova Armada Brasileira após a independência daquele país em 1822.
Até 1823, no entanto, ainda se construíram pelos vários arsenais, 7 navios de linha para além de corvetas, brigues, charruas e escunas.
Foram perdidas várias embarcações não só nas lutas contra os franceses e contra os corsários como também por acidentes.
Nestas condições e também em consequência do pouco interesse que as coisas da Marinha despertavam nos sucessivos governos, a Armada Nacional estava reduzida, no final do 1º quartel do século XIX a 9 navios de linha (2 naus e 7 fragatas), afora corvetas, brigues e charruas ou seja, em menos de 30 anos a Marinha fora diminuída em mais de 20 navios, devendo notar-se que a maioria dos navios referidos já existiam em 1804.
Por outro lado a Marinha da Índia, que ainda era, no início do século, uma força considerável, tinha deixado praticamente de existir.
Na época ainda o país era fértil nas matérias primas destinadas à construção naval porque quer na Metrópole quer na Índia as matas nacionais dispunham das madeiras necessárias à construção naval, a Cordoaria estava apta à produção dos cabos e ainda existiam excelentes fundições para os canhões.
Só o completo desinteresse político justifica o estado de decadência atingido pela Marinha de então, e que continuou a acentuar-se nos anos seguintes.
As lutas políticas que se desenrolaram no país entre 1824 e 1834 em nada contribuíram para melhorar a situação da Marinha.
Em 1831 a esquadra portuguesa está reduzida a 11 navios de fraco valor militar das quais apenas 4 de linha, totalizando 330 peças e cerca de 1500 homens de guarnição. Seis destes navios seriam apresados pelos franceses após o ataque a Lisboa do almirante Roussin.
O século XIX marca, depois das Invasões Francesas, um período de grande instabilidade política que motivou a permanente ingerência das potências europeias na política nacional apoiando ou atacando as diferentes facções políticas de que são exemplos as Lutas Liberais e a Revolta da Patuleia.
Durante as Lutas Liberais, a guerra civil que dilacerou o país durante seis anos, foi a Marinha, o Poder Naval, que decidiu o vencedor. A vitória da esquadra liberal na batalha naval do Cabo de São Vicente resolveu o conflito a seu favor.
A incapacidade da esquadra miguelista em isolar os liberais, inicialmente limitados à ilha Terceira, nos Açores, permitiu que estes saíssem daquela situação para, sucessivamente:
· Desembarcar no Continente;
· Manter o reabastecimento por mar às tropas cercadas no Porto;
· Tomar a iniciativa de efetuar um desembarque no Sul do país;
· Derrotar a esquadra miguelista, apesar de esta ser mais numerosa;
· Conquistar a capital do Reino pela entrada simultânea da Esquadra e do Exército.
No final das Guerras Liberais, em 1834, a esquadra portuguesa fica constituída por 12 navios de vela, dos quais 6 de linha e 2 navios auxiliares a vapor.
A utilização do ferro e do vapor revolucionou a técnica da construção naval, começando tempos difíceis para a Marinha que não pode acompanhar a rápida evolução tecnológica. A introdução das novas tecnologias no século XIX - vapor, ferro e artilharia de retrocarga - que a fragilidade económica do país não lhe permitiu acompanhar, provoca a progressiva decadência da Marinha, que suportara já as consequências das lutas com os franceses, a guerra civil, o combate à escravatura e o esforço de ocupação do litoral africano.
Como exemplo, em 1843, após 11 anos de construção, é lançada ao mar no Arsenal Real de Marinha de Damão uma fragata, a que no ano anterior fora atribuído o nome de D. Fernando II e Glória, navio de madeira de teca e exclusivamente à vela, quando 5 anos antes já entrava em serviço o primeiro navio mercante com casco metálico e propulsão a vapor, o Great Britain, também hoje conservado em museu.
Vinte navios de madeira, dos quais ainda dez exclusivamente à vela constituem a Armada Portuguesa naquele início de 1865, enquanto as grandes nações da Europa já construíam navios de casco metálico e propulsão a vapor desde a década de 1840 e couraçados na década seguinte.
Esta situação era fruto, por um lado, como atrás citado, das lutas internas em que o país estava envolvido desde o início do século e que tinham exaurido o Tesouro Público, mas também era consequência do abate dos navios de vela sem a necessária substituição por novas construções, devido a dificuldades financeiras.
A situação torna-se mesmo angustiosa não havendo navios para as mais urgentes necessidades de serviço quando os Ministros Sá da Bandeira (1858-59) e Mendes Leal (1862-64) dão novo impulso às construções navais do Arsenal de Marinha, e no estrangeiro, iniciando a construção de um modesto conjunto de corvetas e canhoneiras mistas (a vapor e à vela) que viriam a ser fundamentais na presença portuguesa em África naquele final de século. Pena foi que a sua ação não tivesse tido continuidade.
Os políticos da Regeneração estabeleceram neste período novos objetivos estratégicos que levaram à aprovação de um plano de renovação da Armada para a segunda metade do século XIX. Era um projeto de longo prazo e de grande envergadura que implicava a adaptação da Armada aos novos objetivos nacionais para a África, e que o ministro Sá da Bandeira definiu como um Novo Brasil em África.
O pensamento estratégico deste ministro (1858-59) e de Mendes Leal (1862-1865) são complementares; o primeiro lança a Armada quase exclusivamente para África e concentrada em Angola, para ocupar o Congo e o Ambriz. No Continente ficariam apenas forças de reserva e de fiscalização da costa de modo a permitir a rotação com as unidades em comissão em África.
O segundo governante alarga a presença naval a Moçambique e preocupa-se com a defesa do marítima do porto de Lisboa que deveria complementar, do lado do mar, o sistema do Campo Entrincheirado, na época criado pelo Exército.
A situação começa a inverter-se com o programa do ministro Mendes Leal que naquele ano de 1865 manda construir 8 navios que se vão juntar aos 6 adquiridos pelo Marquês Sá da Bandeira e que são entregues próximo desta data. Estas modestas unidades navais irão prestar excelentes serviços em África até ao final do Século XIX.
Mesmo assim, a esquadra estava longe de dispor das unidades indispensáveis ao cumprimento das suas missões, embora o ano de 1870 encontre a Armada com 28 navios na sua maioria de construção recente.
A situação melhorara ligeiramente, mas a Marinha continua desprovida de qualquer navio de combate e, pior, sem esperança de os poder vir a construir, atendendo ao seu elevado custo e à falta de capacidade técnica para os construir no país.
A adoção das tecnologias da 1ª Revolução Industrial produziu uma completa dependência do estrangeiro: maquinaria, armas e munições passam a ser importadas; até o carvão tem de ser de origem estrangeira porque a má qualidade do nacional reduz o andamento e a autonomia dos navios.
Os navios são, desde cerca de 1850, construídos totalmente em Inglaterra ou em Portugal os respetivos cascos, importando--se as máquinas e a artilharia.
Elaboram-se entretanto vários estudos sobre o que são as necessidades da Marinha e as características dos navios que nela devem ser integrados. Estes estudos fizeram com que o ministro Andrade Corvo (1871-79) passasse a dar maior importância ao problema da defesa do Continente e em particular ao porto de Lisboa, mantendo, no entanto, a necessidade de mais 10 navios mistos de vela e vapor para África e de 15 pequenas embarcações para as zonas fluviais, cuja necessidade já constava de programas anteriores.
Infelizmente, nem para tarefas tão restritas havia navios suficientes, de modo a evitar a sua longa permanência nas Colónias, então completamente desprovidas de recursos para a conservação e reparação das novas unidades, facto que contribuía para a sua rápida degradação e ruína. Em 1874, mais de 50% dos navios necessitavam de grandes reparações.
As constantes dificuldades económicas levam a que entre 1875 e 1879 sejam apenas construídos 8 dos 26 navios previstos pelo ministro Andrade Corvo e, de entre eles, a de um pequeno couraçado para a defesa do porto de Lisboa. Estes navios traduziram um conjunto de novas tecnologias inéditas no país, facto que obrigou a Marinha a rever a formação do seu pessoal. São navios de ferro, propulsão a hélice e com máquinas a vapor de dupla expansão.