Apesar da perda da independência em 1580 e do envolvimento da Marinha Portuguesa em conflitos que originaram elevadas perdas de navios, como a Invencível Armada, ela mantém uma intervenção ativa especialmente na luta contra os corsários; e num combate com a esquadra turca de Barba-Roxa, uma força de 30 naus comandada por António Saldanha, não só sai vitoriosa como acaba por conquistar Tunis; enquanto isto, João Queirós efetua a dupla travessia do Pacífico, partindo da Califórnia.
Ligado à Espanha por uma monarquia dualista, Portugal iria ver o seu vasto império atacado por ingleses, franceses e holandeses, todos inimigos de Espanha.
A sua reduzida população de um milhão de habitantes, no início do século XVI, não lhe permitiu resistir a tantos inimigos, e o seu Império foi-se desmembrando.
A Época dos Descobrimentos veio pôr, entretanto, em destaque as amplas possibilidades do transporte marítimo oceânico e as suas capacidades económicas e militares. As rotas do Atlântico Sul e do Índico tornaram Portugal numa potência mundial permitindo-lhe um domínio económico daquelas novas rotas e mercados e também a sua projeção militar nas zonas distantes que descobriu.
Definição da Estratégia Naval do Século XVI a XIX
Portugal dominou os vértices - pontos focais - de uma área definida pela costa continental, Madeira e Açores, e garantiu pelo Poder Naval, a livre circulação, dentro dela, dos navios de comércio nacionais e de amigos e aliados. Foi dentro desta área que se definiu a Estratégia Naval Portuguesa dos séculos XVI a XIX. Aí permaneceram as Esquadras do Oceano para proteção das navegações de torna viagem da Mina, da Índia e do Brasil e a Esquadra do Estreito destinada a impedir a passagem para o Atlântico dos terríveis piratas argelinos e tunisinos.
A decadência do Poder Naval, iniciado em meados do século XVI, manteve-se por razões diversas até ao segundo quartel do século XVIII.
Em 1618 estrutura-se o primeiro corpo militar da Marinha e do País, o Terço da Armada Real da Coroa de Portugal ao qual competia também a guarda ao Palácio Real.