Os Destacamentos de Mergulhadores Sapadores foram criados e activados em finais de 1972, por imperativos operacionais da actividade do Comando de Defesa Marítima da Guiné, tendo sido desactivados em 1975 após a extinção deste comando, passando a actividade operacional dos mergulhadores a ser assegurada pela Escola de Mergulhadores.
O Destacamento de Mergulhadores Sapadores Nº1 foi reactivado em 1 de Junho de 1988, dada a necessidade de existir uma unidade operacional especialmente vocacionada para a área do mergulho militar. As actividades de interesse público, designadamente as relativas à salvação marítima ("salvage diving") e ao socorro a náufragos ("search and rescue") continuaram a ser asseguradas pela Escola de Mergulhadores.
Quando, em 1 de Janeiro de 1995, o Destacamento de Mergulhadores Sapadores Nº2 foi reactivado (com uma nova constituição de vinte elementos em vez de treze), toda a actividade operacional foi retomada pelos destacamentos, ficando cometidas à Escola de Mergulhadores, exclusivamente tarefas de instrução.
Estas unidades estão sedeadas em edifício da Esquadrilha de Submarinos na Base Naval no Alfeite, estão sob o Comando Administrativo dessa Esquadrilha e sob o Comando Operacional do Comando Naval em Oeiras.