As missões das Unidades de mergulhadores situam-se nos âmbitos das operações navais de guerra de minas, ofensivas, de inactivação de engenhos explosivos e das missões de interesse público, compreendendo as seguintes acções:
- Operações de minas.
- Reconhecimento táctico de costa e limpeza de obstáculos para desembarque de forças anfíbias.
- Operações ofensivas submarinas, no mar, na orla marítima, nos acessos fluviais e nas instalações portuárias.
- Inactivação de engenhos explosivos.
- Operações de salvação marítima, nomeadamente vistoria, reparação e recuperação de unidades navais.
- Operações de salvamento marítimo de socorro a náufragos.
- Colaborar na fiscalização das actividades ligadas ao leito do mar.
- Colaborar no estudo científico do meio aquático.
Missões de Realce
Destacam-se algumas missões, que embora traduzam a rotina habitual destas Unidades, foram destacadas pela sua recente mediatização:
- Inspecção ao túnel do metro na Praça do Comércio.
- Recuperação de corpos em Entre os Rios em 2001.
- Exercícios de Operações anfíbias nos exercícios nacionais CONTEX.
- A recente certificação para mergulho profundo a 81 mts.