Os trabalhos de construção do N.R.P. "Pégaso" iniciaram-se em Outubro de 1998, nos Estaleiros Navais do Mondego.

Em 17 de Junho de 2000 o navio foi baptizado na Figueira da Foz, sendo a madrinha a Exmª Prof. Dr. Maria Elisa Ferreira, Ministra do Planeamento e do Ordenamento do Território, na presença de Sua Excelência o Ministro da Defesa Nacional Dr. Júlio de Castro Caldas.

No dia 27 de Março de 2001 o navio passou ao Estado de Armamento, tendo sido nomeado como primeiro Comandante o Primeiro-Tenente Pedro Manuel Mendonça das Neves. Foi rendido em 11 de Setembro de 2002 pelo Segundo-Tenente Sérgio Ricardo Caldeira de Carvalho.

A estrutura deste navio é inovadora, sendo totalmente construída em alumínio naval resistente à corrosão, que tem como enorme vantagem reduzir os custos de manutenção ao longo do ciclo de vida do navio.