Os submarinos contribuem para a prossecução das missões da Marinha e constituem-se como vectores militares estratégicos do poder naval. Os novos SS PO 2000 têm capacidade para missões de protecção e apoio a forças navais e anfíbias, como vigilância, reconhecimento, recolha de informações de forma discreta em zonas hostis, projecção de força e manutenção de paz. No âmbito do contra-terrorismo, têm capacidade para o combate ao narcotráfico, de forma coordenada com outros organismos de Estado e internacionais, e para operações submarinas, contra navios de superfície e outros submarinos, ou com o objectivo de interditar áreas, portos, faixas costeiras e zonas de navegação de interesse.

Desde 1913 que a Marinha opera com submarinos, como parte integrante do poder naval nacional. Com a necessidade de manutenção da sua capacidade submarina, foi contratada, em 21 de Abril de 2004, a construção de dois submarinos do tipo U-209/PN. Aquando da celebração deste contrato, em Kiel, na Alemanha, ficou também garantida a formação das duas futuras guarnições e de um grupo da Esquadrilha de Submarinos e do Arsenal do Alfeite para a área da manutenção.

A futura guarnição do NRP "Arpão" conta com 33 militares, dos quais 7 oficiais, 10 sargentos e 16 praças. Consegue atingir uma velocidade máxima de 20 nós, bem como garantir uma autonomia máxima de 45 dias. Quanto às armas, tem capacidade para lançar mísseis, de defesa aérea e luta de superfície, e capacidade para lançar torpedos, de luta de superfície e subsuperfície.