O Navio Mercante (N/M) "Nautila", com bandeira de Antíqua e Barbados e porto de registo em Hamburgo, afundou-se no dia 12 de Junho de 2003 pelas 01:10 locais na posição 38 34.9 N e 009 25.4 W a cerca 3 milhas a Sudoeste da Bóia de Espera, na Barra Sul do Porto de Lisboa, a uma profundidade de 105 metros.
Pelas 16:05 do dia 11 de Junho, a Capitania do Porto de Lisboa (CPL) teve conhecimento que este navio se encontrava em dificuldades a sair a barra Sul do Porto de Lisboa apresentando um elevado adornamento a Bombordo. De imediato, a CPL em coordenação com a Administração do Porto de Lisboa (APL) e com o respectivo Departamento de Pilotagem (DP), deu início às operações de salvamento, deslocando para a zona três rebocadores a fim de prestarem assistência ao navio. Na mesma altura foi activado o Serviço de Combate à Poluição da Marinha (SCPM) no estado de prevenção.
Cerca das 17:30 do dia 11 de Junho e face ao perigo do navio poder afundar-se, a meio do canal navegável da Barra Sul do Porto de Lisboa, a Autoridade Marítima decidiu rebocá-lo de emergência para Oeste, para águas mais profundas.
Às 17:50 foram retirados de bordo os primeiro seis elementos, tendo permanecido o Capitão e mais dois tripulantes.
Às 18:40 em virtude da degradação da situação do navio, foi decidido retirar os restantes três tripulantes do navio, mantendo-se no entanto o seu reboque para Oeste, já na situação de totalmente abandonado.
Às 18:50 em resultado do adornamento que o navio apresentava, começou este a perder alguns dos contentores que transportava no convés.
Em consequência da libertação de contentores para a água, foi decidido CPL em conjunto com a APL/DP, encerrar a barra do Porto de Lisboa no sentido de evitar um acidente por colisão marítima.
Cerca da 19:40 o cabo de reboque partiu-se ficando o Nautilo à deriva e começando então a abater no sentido SW. Às 01:10 do dia 12 de Junho o navio afundou-se.
A Marinha passou o dia 12 de Junho a realizar basicamente três operações:
Verificação do estado da Barra Sul de forma a confirmar que não havia contentores afundados no trajecto desta. Esta operação foi conduzida por uma lancha hidrográfica. Às 17:30 confirmou-se que uma faixa de 200 metros de largura da Barra Sul de Lisboa estava desobstruída e que podia ser utilizada em segurança, permitindo assim a abertura desta à navegação mercante.
Localizar os contentores que caíram à água, cerca de 34, e que não se afundando permaneciam à superfície a constituir um perigo para a navegação. Nesta operação forma envolvidas duas Corvetas, duas Lanchas de Fiscalização Ribeirinhas, 1 Lancha da Polícia Marítima de Cascais, um Helicóptero e um Aviocar da Força Aérea. Neste momento encontram-se localizados 4 contentores, estimando-se que os outros tenham entretanto afundado.
Garantir o afundamento dos contentores à deriva em águas suficientemente profundas para não constituir perigo à navegação. Esta operação esta a ser realizada no momento por Mergulhadores da Armada apoiados por uma Corveta.
A carga dos contentores não acarreta perigo de poluição para a flora e fauna Marítima.
O navio tinha a bordo cerca de 42 toneladas de Diesel. O Diesel entretanto libertado evaporar-se-á e a outra parte será rapidamente dispersa por acção do mar, não constituindo assim um perigo iminente ou elevado de poluição.
A tripulação é de origem Polaca e parte dela será sujeita a um inquérito pela Autoridade Marítima no sentido de apurar as razões do acidente e eventuais responsabilidades.