Esta colaboração entre as duas instituições permitiu a troca de animais e algas, tendo sido disponibilizado, pelo Aquário Vasco da Gama, exemplares de macroalgas Caulerpa ao Oceanário de Lisboa. A partilha de espécies entre aquários permite não só aumentar o conhecimento científico, como também dar a conhecer estas espécies ao público, promovendo a sensibilização dos visitantes para as ameaças que as mesmas enfrentam.
Apesar de separados por um século de existência, ambas as entidades colaboram para o mesmo fim, com o objetivo de transportar os visitantes numa viagem aos oceanos, dando a conhecer todo o património marítimo português bem como a sua biodiversidade. A ligação com o mar leva a que, tanto o Aquário Vasco da Gama como o Oceanário de Lisboa tenham como missão, contribuir para a conservação e uso sustentável dos oceanos.
Além da representatividade dos ecossistemas marinhos nacionais, o Aquário tem ao dispor dos visitantes um museu de história natural com a parte do espólio das expedições do Rei D. Carlos I, e instrumentos oceanográficos utilizados pelo monarca nas suas investigações a bordo dos iates “Amélia”.
