A Marinha é uma organização otimizada
Ao nível da organização, procura-se assegurar a unidade de comando que, por sua vez, permite coordenar o emprego dos meios para promover a economia de esforço.
O Almirante Chefe do Estado-Maior da Armada depende do Almirante Chefe do Estado-Maior General das Forças Armadas para efeitos operacionais e do Ministro da Defesa Nacional para a administração de recursos. O Almirante CEMA é por inerência, a Autoridade Marítima Nacional.
Os órgãos de apoio direto ao Almirante CEMA concentram a responsabilidade pela formulação estratégica e planeamento no que concerne a toda a visão estratégica para a Marinha. Cabe às quatro superintendências (do Material, do Pessoal, das Finanças e das Tecnologias da Informação) administrar os respetivos recursos. O comando de componente naval, com os respetivos elementos, responde pelo aprontamento, comando e emprego dos meios e recursos atribuídos. Os órgão responsáveis pelas ciências e técnicas do mar são o Instituto Hidrográfico e a Escola Naval. A academia de Marinha e a Direção Cultural da Marinha são os órgãos de natureza cultural. A atividade inspetiva na Marinha é garantida pela Inspeção-Geral da Marinha.
O Serviço de Busca e Salvamento Marítimo, que funciona no âmbito da Marinha, é o serviço responsável pelas ações de busca e salvamento relativas a acidentes ocorridos com navios ou embarcações.
