Como Corpo de Forças Especiais, são-lhe incumbidas missões específicas, que obrigam a uma prontidão operacional permanente, razão pela qual os Fuzileiros têm um treino técnico-militar bastante especializado e exigente, nomeadamente:
Participar em operações anfíbias, conjuntas e/ou combinadas, integrando Forças nacionais, multinacionais ou NATO, na defesa do Território Nacional ou dos interesses Portugueses no estrangeiro;
Efetuar operações de assistência humanitária, proteção e/ou evacuação de cidadãos nacionais residentes no estrangeiro, bem como de manutenção, imposição e consolidação da paz, de forma autónoma ou integrando outras forças;
Executar ou colaborar, com outros agentes do Estado, em operações de combate ao tráfico de droga, pirataria marítima, contra terrorismo e crime organizado;
Colaborar em tarefas decorrentes do apoio a autoridades civis, nomeadamente em situações de catástrofe, calamidade ou acidentes graves;
Colaborar em tarefas decorrentes de protocolos de cooperação bi ou multilateral, nomeadamente com os países lusófonos, no âmbito da cooperação técnico-militar;
Colaborar com Forças dos outros ramos das Forças Armadas e Forças de Segurança.
Como testemunho da sua ação ao longo da sua história, o Estandarte Nacional do Comando do Corpo de Fuzileiros ostenta numerosas condecorações resultantes de ações individuais e as mais altas distinções:
Ordem Militar da Torre e Espada do Valor, Lealdade e Mérito;
Três Cruzes de Guerra, colectivas;
Medalha de Ouro de Serviços Distintos;
Ordem do Infante D. Henrique;
Ordem de Liberdade;
Medalha da Ordem de Tamandaré.
Hoje, os Fuzileiros Portugueses prestam, também, estreita cooperação de natureza Técnico-Militar aos Fuzileiros dos Países Africanos de Língua oficial Portuguesa (Angola, Cabo Verde, Guiné-Bissau e Moçambique) e desde 1997 têm participado isoladamente e de forma conjunta ou combinada em operações de apoio à paz e de assistência humanitária, na Bósnia-Herzegovina, em Timor-Leste, na ex-República do Zaire, na Guiné-Bissau, em Moçambique, na República Democrática do Congo, no Afeganistão e na Lituânia.
