Incumbe, ao Agrupamento de Mergulhadores, através do Departamento de Mergulho da Esquadrilha de Subsuperfície promover o aprontamento, o apoio logístico e administrativo das unidades de mergulhadores, assim como assegurar, através da Escola de Mergulhadores, o treino e formação dos militares.
As Unidades de Mergulhadores estão organizadas em três destacamentos, designados sequencialmente por nº1, nº2 e nº3, subdivididas por equipas de quantitativos variáveis em função da complexidade, dispersão geográfica ou a duração da missão o justifiquem.
Os destacamentos diferenciam-se, entre si, pelo emprego operacional.
A Escola de Mergulhadores detém a responsabilidade da formação de mergulho e inativação de engenhos explosivos de todos os Mergulhadores da Armada e ministra em média 30 edições de cursos de formação e de atualização por ano, com uma média total de 350 formandos civis, militares de outros ramos e das forças de segurança;
Deve-se aos mergulhadores a adquisição da primeira Câmara Hiperbárica do País, tendo sido instalada na então Escola de Mergulhadores, sediada na Esquadrilha de Submarinos, desencadeando de forma pioneira, a Medicina de Mergulho e Hiperbárica, sob a tutela do Serviço de Saúde da Esquadrilha de Submarinos;
Os Mergulhadores da Armada têm capacidade de mergulhar até 81 metros de profundidade;
Na guerra de minas empregam veículos autónomos submarinos (AUV’s – Autonomous Underwater Vehicles) com sistemas de deteção de elevada precisão e grande complexidade tecnológica;
Têm participado em diversas missões de interesse público e noutras missões de relevo, quer nacionais, quer internacionais.
Como testemunho e relevância da sua ação, os Mergulhadores foram condecorados com altas distinções, nomeadamente:
