Durante a elaboração do processo disciplinar foi afastada, pelos tribunais administrativos, a suspeição sobre imparcialidade levantada pelos militares relativamente ao Comandante da Zona Marítima da Madeira, na qualidade de oficial instrutor do processo, e ao Comandante Naval, na qualidade de entidade com competência disciplinar.
Foi decidido aplicar penas de suspensão de serviço a todos os militares, que variam entre 10 e 90 dias, consoante a responsabilidade decorrente da categoria, posto e antiguidade de cada militar, entre outras circunstâncias.