O novo Comandante Naval tem como principais objetivos garantir uma esquadra pronta com uma maior presença no mar, apostando na manutenção dos navios, na formação e treino das guarnições e na cooperação com a Autoridade Marítima Nacional.
O Comando Naval tem por missão a preparação, aprontamento e sustentação das forças e meios da componente operacional do sistema de forças, competindo-lhe o planeamento, apoio à decisão e controlo da execução das missões que lhe são atribuídas.
O Comandante Naval exerce também o comando de nível operacional das forças e unidades operacionais, no âmbito das missões particulares aprovadas; das missões reguladas por legislação própria; e de outras missões de natureza operacional que lhe sejam atribuídas.
